据悉，李纪周案于1998年9月，朱镕基总理南下掀起反走私风暴时李被揭发，当年12月中旬，李在北京医院看病时被中纪委调查组“双规”。2000年初，检察院正式批准逮捕李纪周，同年4月，中纪委正式宣布李纪周被免职，同时开除其中共党籍。
2000年9月14日，最高人民检察院披露，李纪周已被逮捕并立案侦查。这是中国官方首次正式对外宣布李纪周案。不过，最高人民检察院副检察长赵登举未透露李纪周犯罪详情。据介绍，李纪周案拖延很久，是因为李案涉及面太广，关系复杂，案中又有几宗轰动全国的走私大案，故只有等到远华、湛江等走私案审结以后再进行。
舆论认为“罪该万死”的李纪周，一审被判“死缓”。专家认为，“依法宽大”，暂且免其一死，而没有感情用事“杀之以谢国人”，是法律对感情、舆论的胜利。
当北京市第一中级人民法院“判处其死刑，缓期二年执行”的一审判决宣布后，很多民众感到惊讶：李纪周罪不可赦，为什么只判个“死缓”？然而，安徽省政府立法咨询员、法学博士陈宏光教授接受《新闻周刊》采访时说，“死缓”的判决是经得住法律的推敲、有法理依据的。
新华社在援引北京市第一中级人民法院的一审判决书时说了这么一句：“鉴于李纪周能够提供线索，为侦破有关重大案件起到了一定作用，且能积极动员亲属退赃，有认罪悔罪表现”。
由此可见，在法院看来，李纪周有被法律容忍与“宽恕”的条件。也就是说，李纪周有依法从轻的刑罚裁量情节（量刑情节）。
其后程辛联案也审查终结，移送起诉。程辛联是以“公职人员受贿罪”被起诉的，起诉书统计的数额为70万元人民币，不过后来律师力辩，程辛联罪名并非“公职人员受贿罪”，而是“介绍贿赂罪”，法庭采信了律师的辩护。程辛联因“介绍贿赂罪”而被北京市第一中级人民法院判处有期徒刑两年零六个月。
李纪周身为公安部副部长、全国打击走私领导小组副组长，担负着同走私等犯罪活动作斗争的重要职责，然而他却滥用职权，谋取私利，严重妨害公安机关的正常执法活动，其违纪违法行为情节严重，造成了恶劣的政治和社会影响?